Oligonukletide sind nicht gleich Oligonukleotide. Darüber sollten Sie sich immer im Klaren sein. Ein Oligonukleotid ist eine komplexe chemische Verbindung, deren physikalisch-chemische Eigenschaften sehr stark sequenzabhängig sind. Auch kurze Oligonukleotide können bei entsprechender Sequenz palindromisch sein oder starke Überstrukturen ausbilden (siehe auch Abschnitt: Überstrukturen). Deswegen versuchen wir, Ihnen auf unserer Bestellseite Hinweise über geeignete Synthesemaßstäbe und Aufreinigungsmethoden zu geben. Die folgende Aufzählung zeigt Ihnen, welche Faktoren einen starken Einfluss auf die Herstellung und die Qualität von Oligonukleotiden ausüben können:

• palindromische Sequenzen
• repetetive, sich also wiederholende Einheiten
• Hairpinstrukturen
• Überstrukturen (z. B. durch G-reiche Abschnitte bedingt)
• Purinreiche Sequenzen
• lange Oligonukleotide
• komplizierte Modifikationen

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